Новый плеер Zune HD будет поддерживать приложения сторонних разработчиков. Официально в Microsoft никогда не подтверждали, что на Zune HD можно будет запускать приложения (кроме нескольких встроенных игр), однако в пользу этого предположения говорит множество косвенных свидетельств.

Многие считают, что в Рэдмонде работают над единым онлайновым магазином с программами для Windows Mobile и Zune. В Microsoft уже зарегистрировали фирменный знак «OneApp» и открыли соответствующие вакансии. Также не раз говорилось о планах перенести элементы интерфейса Zune на Windows Mobile; правда, программы при этом не упоминались. Теоретически это возможно, поскольку обе платформы основаны на Windows CE и процессорной архитектуре ARM.

Недавно сообщалось, что Microsoft переманивает разработчиков iPhone для портирования его приложений под Windows Mobile. Таким образом в Microsoft рассчитывают повысить степень доверия к своей платформе пользователей iPhone.